En Ubuntu 16.04, la barra aparece por defecto en el lateral izquierdo de la pantalla.
Personalmente prefiero tenerla en el lado inferior, y para cambiarla basta con abrir un terminal y ejecutar lo siguiente:
$ gsettings set com.canonical.Unity.Launcher launcher-position Bottom
En caso de querer volver a colocarla en el lateral izquierdo, bastaría con ejecutar:
$ gsettings set com.canonical.Unity.Launcher launcher-position Left
Normalmente, el cambio se realiza en el momento de ejecutar el comando correspondiente, pero si no, reinicia.