Para activar la protección por usuario y contraseña en Nginx mediante el fichero .htpasswd hay que hacer las siguientes cosas:
Hay que activar la autenticación básica y el fichero de contraseñas en la sección «location» del fichero de configuración de Nginx para el directorio que se quiera proteger así:
    location / {
            auth_basic "Restricted";
            auth_basic_user_file /var/www/.htpasswd;
            try_files   $uri /index.php?$query_string;
            sendfile off;
    }Crear la línea que hay que añadir al fichero .htpasswd con el usuario y la contraseña encriptada así:
    # htpasswd –nb usuario contraseña
Y el resultado del comando anterior, añadirlo en una línea del fichero .htpasswd.
Y por último, hay que reiniciar Nginx.